《EVA：絕密衝擊 Evangelion: Another Impact - Confidential》在別的地方，別的時候，進行着決戰兵器的啓動實驗。祕密進行開發與實驗的「Another No.=無號機」，突然不受人的控制，開始了暴走——。『Another No. = 無號機』是爲了什麼而製造的呢？在「別」的世界啓動的EVA的暴走與咆哮的故事……